MUTAZIONE COVID / “Così ho scoperto la variante Novara, sconosciuta per i vaccini”

Una nuova variante del coronavirus è stata individuata in una donna a Novara. La mutazione, come chiarito dal responsabile della scoperta, il virologo Francesco Broccolo, includerebbe caratteristiche delle varianti inglese e nigeriana, più quattro mutazioni finora non associate a una variante nota. La variante, per le sue caratteristiche, potrebbe essere immunodominante e alterare l’efficacia dei vaccini, come ha spiegato Francesco broccolo, Professore ordinario di microbiologia clinica presso l’Università degli Studi Milano-Bicocca, che in questa intervista ci racconta come è avvenuta la scoperta e quali sono le sue implicazioni.

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Innanzitutto, la necessità di dedicare maggiore attenzione al sequencing, la scoperta della variante è avvenuta durante uno screening random su alcuni tamponi positivi e non in una delle sessioni di sequencing (ancora troppo piccole) svolte nei laboratori delle Regioni individuali con il coordinamento di Iss.

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Professore, come è venuto a conoscenza della nuova variante che ha ribattezzato “Variante Novara”?

Tutto è iniziato con uno screening, il campione non è stato inizialmente sottoposto a sequenziamento, ma a uno screening con test che rilevano solo alcune mutazioni specifiche, le più importanti: 501, 487, 417 e delezione 6970.

Che cosa hai visto?

Abbiamo visto che c’era una combinazione insolita, cioè una combinazione di queste mutazioni che non ci ha fatto capire quale variante fosse tra quelle conosciute. Solitamente da queste mutazioni, a seconda della combinazione, è possibile capire di quale variante si tratta. In questo caso, la combinazione era molto speciale. Ad esempio, non c’era la mutazione 501, che è ancora presente, non c’era delezione 6970 e non c’era la mutazione 417, ma c’era la mutazione 484. porta al sequenziamento di una regione della proteina Spike. Durante il suo sequenziamento, abbiamo visto che c’erano anche altre mutazioni molto rare, come la 401, che era stata rilevata solo una volta in Italia.

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Quindi l’hai scoperto con uno screening casuale?

Sì, non abbiamo nemmeno guardato molto, abbiamo analizzato circa 20 campioni. Di questi, 13 avevano la variante britannica, 1 aveva il virus nativo che non era mutato, 1 aveva la variante sudafricana e l’ultima, molto particolare, aveva questa strana combinazione.

Una variante insolita che potrebbe cambiare l’efficacia dei vaccini, come hai già fatto dichiarare?

Ciò dovrà essere verificato con esperimenti di modellazione ed esperimenti sull’isolato virale, se può essere isolato. Ho sollevato questo dubbio sui vaccini perché la mutazione 484, che è presente, è una mutazione critica, mostrano le pubblicazioni scientifiche. Questa è la stessa mutazione presente nella variante sudafricana, una mutazione in un sito che si definisce immunodominante.

Cioè?

Un sito a cui si legano gli anticorpi; se è mutato, gli anticorpi non possono legarsi. L’altra mutazione, 417, non c’è, ed è positiva, ma c’è la mutazione 401, che è molto vicina al sito di legame dell’anticorpo, cioè 417 precisamente, quindi potrebbe interferire con l’accoppiamento. anticorpo stesso. Il sospetto è sapere dov’è questa mutazione, ma tutto è da capire.

È una variante più virulenta?

La paziente sta attualmente bene e non ha infettato il marito, che ha preso un tampone ed è risultato negativo. Dobbiamo essere ottimisti, almeno da questo singolo caso possiamo dire che la variante non sembra essere più virulenta. Il paziente aveva sintomi molto lievi.

Cosa fai quando trovi una variante sconosciuta?

L’intero virus viene sequenziato per vedere se altre mutazioni sono presenti in altre regioni del virus, lo facciamo con la collaborazione dell’Università Federico II di Napoli, che, pur sequenziando il genoma del virus, fa anche uno studio modellistico, è vedere come cambia la struttura tridimensionale della proteina per ipotizzare un possibile compromesso nell’efficienza dell’anticorpo.

Poi?

Quindi, in vitro, si può valutare, sul virus coltivato, se il siero di un soggetto vaccinato è in grado di neutralizzare il virus allo stesso modo. Questo è chiamato test di neutralizzazione. Oppure usiamo pseudovirus, virus artificiali che hanno la proteina S e su cui mettiamo la nuova mutazione, 401, per vedere se il siero di un vaccino è efficace, cioè se neutralizza il vaccino. Pseudovirus contenente la nuova mutazione che abbiamo scoperto.

Il sequenziamento funziona in Italia?

Si fa troppo poco, siamo in un progetto con l’Istituto Superiore di Sanità per il quale ogni Regione ha scelto laboratori per sequenziare il 5% dei tamponi che risultano positivi in ​​un giorno. Nell’arco di un mese intero, tuttavia, vengono eseguite sequenze sui pad di soli due giorni.

Anche a Novara è stato segnalato il primo caso della variante inglese in un gatto. Cosa ne pensi?

Venti giorni fa è uscito un lavoro Cellula il che dimostra che la trasmissione di varianti, in particolare del sudafricano, è molto favorita nei topi. Vari animali domestici sono stati testati solo per vedere se erano infetti con la variante sudafricana e si è scoperto che gli animali domestici non erano infetti, ma il topo era infettato molto bene, tanto che nell’articolo si è concluso che il fallout inverso poteva si verificano.

Cioè?

In altre parole, l’uomo che infetta il roditore. Ma ciò non dovrebbe accadere, il virus muterebbe molto di più e potrebbe persino diventare endemico, utilizzando l’animale come “riserva”. È quello che succede con il virus dell’influenza, che a un certo punto scompare nell’uomo, ma poi ritorna ad ottobre perché nel frattempo ha utilizzato gli uccelli come serbatoio.

Nel caso del gatto?

È necessario capire se il tampone era debolmente positivo, quindi potrebbe essere solo una contaminazione tra il proprietario e il gatto. Al contatto, il proprietario potrebbe aver contaminato il gatto con tracce di RNA. In questo caso non stiamo parlando di una vera infezione, ma di contaminazione. Bisogna assicurarsi che si tratti di una vera infezione, lo si può capire dalla carica virale.

Negli ultimi mesi sono stati segnalati casi di positività negli animali domestici: nel Regno Unito, ad esempio, a luglio 2020, si parlava di un gatto domestico infetto.

Si sono rivelati tutti casi di contaminazione, non di infezione. È sufficiente che il proprietario dia un bacio al gatto e nell’animale venga rilevata una positività, che però non indica una vera infezione. Bisogna controllare tutto, anche in questo caso.

(Giacca Emanuela)

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