Ogni città ha il suo microbioma distintivo

Dalle foreste pluviali tropicali a giungla urbana: Una collaborazione internazionale di scienziati ha stabilito, in uno sforzo di tre anni e distribuito a 900 ricercatori in sei continenti, un atlante globale di microrganismi che abitano le metropolitane e altri trasporti pubblici in 60 città in tutto il mondo.

Dal libro appena pubblicato su Cellula, che risale a prima che gel disinfettanti e mascherine sterilizzassero gran parte di ciò che tocchiamo, sembra che ogni città abbia un microbiota (vale a dire il genoma di tutti i microrganismi che lo abitano) molto ben riconoscibile, e che nelle aree urbane proliferano quasi 11.000 specie di virus e batteri, finora sconosciuti, componenti innocui di un ecosistema di cui anche noi facciamo parte.

Tamponi in epoca pre-covid. Christopher Mason, un genetista della Cornell University di New York, ha chiesto ai colleghi del consorzio MetaSUB (Metagenomics & Metadesign of Subways & Urban Biomes) per raccogliere campioni di materiale genetico dalle superfici di tornelli, corrimano, biglietterie automatiche, panchine e vagoni della metropolitana in 60 città, tra cui Londra, New York, Tokyo, Rio de Janeiro, Shanghai, Hong Kong, Sacramento, Sydney. Nelle città senza linee suburbane la raccolta avveniva su autobus e treni. Tra il 2015 e il 2017 sono stati effettuati 4.728 tamponi ambientali sotto lo sguardo perplesso dei passeggeri.

Non c’è bisogno di preoccuparsi. Le analisi genetiche hanno rivelato la presenza di 4.246 specie di microrganismi conosciuti, due terzi dei quali sono batteri, oltre a 10.928 specie di virus e 748 di batteri mai documentati in nessun database scientifico. “I corrimani e le panchine nelle nostre città a volte ospitano più diversità di una foresta pluviale”, spiega Mason. Quasi tutti i virus trovati sono batteriofagi, ovvero virus che infettano i batteri e non rappresentano un rischio per la salute umana. Altri, forse, potrebbero derivare composti da utilizzare come farmaci; nella maggior parte dei casi sono microrganismi non patogeno, con cui siamo in costante contatto.

Pelle, suolo e oceani. Le grandi città hanno un microbiota più complesso e diversificato, ma indipendentemente dalle loro dimensioni, ogni chilometro di distanza tra due campioni è associato a una media dello 0,056% di diversità tra i microrganismi trovati. In questo caos di vita invisibile, i ricercatori hanno trovato 31 diverse specie di batteri presenti praticamente in ogni luogo in ogni città, quello che hanno chiamato il “nucleo del microbioma urbano”. La metà di questi batteri normalmente vive sulla pelle umana, perché è presente nel sebo o nel sudore, altri sono batteri del suolo; ma ci sono anche specie inaspettate come il Modestobacter marinus, un batterio oceanico.

Dimmi su cosa stai camminando e ti dirò dove vivi. Se escludiamo questo “zoccolo duro” presente in tutte le aree urbane, c’è una grande diversità batterica e virale da una città all’altra, anche a causa della posizione geografica: i microbiomi delle città vicine tendono ad assomigliarsi, mentre quelli delle città in Europa e Nord America sono molto diverse da quelle delle metropoli del sud-est asiatico. comunque, il pot-pourri codici genetici di virus e batteri in ogni città è così caratteristico che analizzandolo è possibile risalire al centro urbano in questione con una precisione dell’88%. “Dammi una scarpa e sequenziando (i batteri nella suola) potrei probabilmente dirti da dove vieni”, scherza Mason, non così tanto.

Sviluppi utili. Il team ha anche riscontrato un’abbondante presenza di geni correlati resistenza agli antibiotici nel microbioma di ogni città: un fatto non necessariamente preoccupante – i microrganismi usano composti antimicrobici naturali per combattere le specie rivali – ma che in futuro potrebbe essere sfruttato per monitorare la diffusione dei superbatteri in diverse zone e informare gli attori delle politiche di salute pubblica .